Dos años han transcurrido desde la caída de Jacinto cuya finalidad era para detener el ataque Locust. A raíz de esto, la COG se ha desintegrado por completo y los supervivientes de tanto desastre siguen luchando por un único fin: permanecer con vida, Hermanos hasta el fin (o Brothers To The End en inglés). Al encontrar una remota isla llamada Vectes para vivir mientras que un enemigo peor que los Locust, los Lambent, que resurgieron tras la caída de los Locust, se esparcen por todo el mundo de Sera, y con el presidente de la COG perdido deciden separarse. Unos deciden habitar las pocas naves tipo CNV («acorazado tipo nido») que quedan, mientras que otros se arriesgan a regresar a tierra firme y tratar de darle un fin a esta batalla. La humanidad ha sido diezmada, así como los Locust, quienes fueron expulsados de su hondonada por la inundación de sus túneles.
La historia comienza en el Sovereign con Marcus teniendo una pesadilla, recordando cómo murió su padre. Al despertar, el capitán llama por el altavoz a Marcus, a Dom y a Jace. Mientras que Cole, en compañía de Baird, Clayton Carmine y Samantha «Sam» Byrne, se dirige a las ruinas del antiguo hogar de los Hanover Cougars, el equipo de trashballdonde jugaba Cole, en busca de provisiones para el barco, Marcus y los demás sufren un ataque por parte de los Lambent, con un gigantesco Leviathan Lambent.
Tras repelerlo, reciben la inesperada visita del presidente Prescott quien le entrega a Marcus un disco, que revela que Adam Fénix, su padre, está con vida pero debido al mal estado del equipo del barco, no pueden ver más de lo necesario. El equipo asume entonces que Adam está vivo y deciden ir a buscarlo. Durante el ataque, el Leviathan Lambent destroza parcialmente el barco, pero consiguen destruirlo arrojándole un contenedor repleto de Tickers gracias a la ayuda de Baird. No obstante, el barco es destruido. Tras reunirse finalmente con Cole, Baird y Sam, Marcus y Dom se enteran de que Anya y Jace están con Prescott, pero desafortunadamente, éste ha sido herido de muerte por la explosión del barco. En sus últimos momentos, Prescott le revela a Marcus que su padre sí está con vida y que se encuentra en una instalación militar llamada Azura y le entrega la información que necesita para descifrar un disco que Hoffman le había robado al presidente en Vectes. Tras decirle esto, Prescott muere.
Posteriormente logran ver el contenido del disco y se enteran que Adam fue obligado a fingir su propia muerte, y que en realidad había sido secuestrado por Prescott y llevado a Azura para que desarrollara un arma que pudiera poner fin a la guerra. Dejando a algunos de sus Gears para ayudar a los sobrevivientes, Marcus y su equipo parten a la base de Anvil Gate a encontrarse con Hoffman donde está todo lo necesario para descifrar el contenido del disco.
Los Gears se ven obligados a avanzar y a pelear en lugares controlados por los Locust en los páramos de Sera que han construido sus bases en la superficie tras el hundimiento de Jacinto. En ese momento Myrrah alerta a sus tropas para que detengan el avance de Marcus y sus compañeros. Eventualmente los Gears roban una barcaza Locust la cual utilizan para llegar a Anvil Gate, no sin antes ayudar a Dizzy, que se encuentra en apuros. Luego de reunirse con Dizzy, los Gears avistan una avanzada Locust hacia Anvil Gate y al llegar a la mencionada base, ponen al tanto a Hoffman, a quien ayudan a detener la Horda Locust. Luego de esto, el equipo descubre que Azura es una instalación militar ubicada en una isla la cual está protegida por una tormenta artificial a la que solo se puede acceder por debajo del agua y la única forma de hacerlo es mediante un submarino el cual se encuentra en perfecto estado en el abandonado astillero de Endeavour; para poder encontrar combustible, sin embargo, deben ir a la ciudad de Mercy o a Char a conseguirlo. El grupo decide entonces dirigirse a la ciudad de Mercy para buscar el combustible de Imulsión; esto a petición de Dom quien considera ir allá, aparte porque es la ciudad donde su difunta esposa María nació.
Al llegar a Mercy, el grupo descubre que la ciudad está infestada por humanos que se han convertido en Lambent a efectos de haberse expuesto prolongadamente a la Imulsión, confirmando los temores de que la infección presente en la Imulsión de la que Adam habló en su mensaje haya incluso contaminado a los humanos de Sera; eventualmente los Gears se abren paso por la ciudad pero cuando se disponen a salir de Mercy una vez cargado el combustible, son emboscados por una horda de Locust y Lambent. Dom entonces decide sacrificar su vida para salvar a sus compañeros matándose junto con los Locust y los Lambent en una explosión suicida al estrellar un camión de transporte contra el depósito de Imulsión.
El grupo se dirige a Char para conseguir combustible para el vehículo. Char había sido el epicentro de un ataque del martillo del alba. La ciudad estaba totalmente destruida y sus habitantes convertidos en cenizas, en forma de lo último que estaban haciendo. Los sobrevivientes rechazan la presencia de la COG; en el camino, un hombre cubierto de ceniza les tiende varias trampas y logran seguirlo hasta su base; ahí los reciben con disparos, pero al mismo tiempo los Lambent atacan, los gears logran repelerlos y los dejan entrar en la base. Entonces se enteran de que un hombre llamado Aaron Griffin (el líder del campamento) puede conseguirles combustible. Cuando hablan con Griffin, sus hombres capturan a Dizzy y el vehículo como chantaje, dado que Griffin usa a los Gears para conseguir una provisión de Imulsión que él esperaba recibir pero que no le ha llegado. Los Gears cumplen con su parte del trato, pero la Reina Myrrah los ataca. Marcus y sus compañeros escapan dejando atrás a Griffin quien jura vengarse por la muerte de los supervivientes. Eventualmente, los Gears consiguen llegar al astillero de Endeavour, y después de reparar y suplir el submarino de combustible, parten inmediatamente hacia Azura.
En camino hacia Azura, los Gears van en el submarino en cuanto miran unos peces similares a las anguilas, y en eso estas los atacan pero ellos logran salir de la casa de esos peces. Ya acercándose a Azura, los Locust los encuentran y estos les disparan, pero el pelotón logra escapar. Al llegar a Azura, ven muchos cuerpos y sangre regada por el agua, y llegan a la estación de trenes de Azura. Los Locust los han encontrado y no pararan hasta destruirlos. Al despejar toda la estación, el tren que se encontraba ahí explota, y no hay salida, hasta que Adam Fenix, los llama y les dice que los puede ver por las cámaras de seguridad y les va a enseñar el camino hasta él, pero los Gears le piden que lo lleven por el Malestrom (el sistema de defensa de la isla) para desactivarlo y dejar entrar a los refuerzos. Adam los guía, haciéndolos pasar por cantidades de Locust, hasta que por fin llegan. Adam les pide desactivar los 3 interruptores del Malestrom para desactivarlo, pero no les funciona, así que Adam les pide que vayan al aparato y lo recalienten con las válvulas. Estos logran escapar con vida del Malestrom antes de que explotara, y finalmente ven a los refuerzos y notan que hubo un "Verano Instantáneo".
Al llegar Baird y Cole (con Jack finalmente reparado) descienden hacia donde están Marcus y el resto del pelotón. Cole y Baird se enteran de lo de Dom y quieren participar para matar a la reina Myrrah, así que Marcus les pide a Sam y Jace que vallan a reagrupar y organizar a todos los refuerzos, y estos van. Así que Adam ahora guía a los 4 Gears hacia la torre central de Azura, para salvarlo y llevarlo al arma y eliminar a todos los Lambent. De camino a la torre, se presentan más Lambents tratando de detener a los Gears pero estos los sobre pasan, y al llegar al laboratorio de Adam, este les explica que el ya sabia que el Día-E ya iba a llegar, y les dice que tiene el arma de destrucción de Lambents en el tejado, pero que también hará efecto en los Locust, y esta es la razón de que Myrrah no quiere que lo haga.
Al llegar al tejado del Arma, llegan Myrrah y el Tempest, y Marcus esta decidido a terminar todo esto. Adam entra al arma pero avisa que tiene que activarla por fases, así que saca unos martillos del alba para que Marcus elimine al Tempest. En un momento llega Clayton Carmine en un King Raven para cubrirlos pero el Tempest incinera el helicóptero haciéndolo caer. Cuando el Tempest empieza a destruir el arma, Marcus y el pelotón lo eliminan finalmente y este cae al piso, quemado.
El arma ya esta lista, pero los Lambent llegan a la torre y los empiezan a atacar, y Adam les explica como la ensayo para que no afectara a los humanos; el se inyectó imulsión para acelerar el proceso, y finalmente el arma se activa haciendo matar a los Lambents de la torre, y a todos los del planeta, incluyendo a Adam, diciendo sus últimas palabras: Marcus, ¡vive por mi!
De ahí sale Myrrah del Tempest, y Marcus agarra el cuchillo que le regalo Dom, la apuñala y le dice: ¿Lo sientes? Eso es por Dom, y por todos los que has matado. Y la ola avanza por todo el planeta, matando a los Lambents y a los Locust. Se muestra que Clayton esta vivo, en la playa. Al salir todos, Marcus se quita la armadura y va a la playa, y llega Anya y Marcus le pregunta: -¿y ahora que? ¿que nos queda ahora?- Con lo que Anya responde -el mañana Marcus, por fin tenemos un mañana- en lo que terminan abrazados a la luz del atardecer.
